Eine Theorie wie die von Darwin musste zwangsläufig ihre Kritiker finden. Einer der damaligen Hauptkritikpunkte von wissenschaftlicher Seite konnte mittlerweile ausgeräumt werden: die Frage, wie Eigenschaften an nachfolgende Generationen weitergegeben werden, klärte sich erst mit der Entstehung der modernen Genetik am Beginn des 20. Jahrhunderts, die ihre Anfänge in den Versuchen und Schlußfolgerungen Johann Mendels nahm.

Vor allem aus den Reihen der Theologen erhob sich jedoch ein Sturm der Empörung gegen die Idee, dass die Arten nicht von Gott erschaffen waren, sondern sich mit der Zeit selber entwickelt hatten. Schlimmer noch: auch der Mensch war nun nicht mehr Gottes Ebenbild, sondern aus einem Tier entstanden. Die religiöse Überzeugung, nach der die Schöpfungsgeschichte, die Genesis, der Wahrheit entsprach, und Darwins Evolutionstheorie ließen sich nicht in Einklang bringen. Darwin selber vermied es, sich in die theologischen Kontroversen einzumischen. Auch heute wird die Genesis-Theorie in einigen Staaten der USA zusammen mit der Evolutionstheorie gelehrt, ohne dieser den Vorrang zu geben.
Eines der Argumente für eine Schöpfung durch eine Höhere Macht ist, dass auch die Darwinsche Theorie den absoluten Ursprung des Lebens und des Bewußtseins nicht erklären kann.

Anhänger Darwins wandten die Idee der Selektion - vermischt mit Wallaces Gedanken vom Überleben des Stärkeren - auch auf die menschliche Gesellschaft an und sahen in ihr eine Bestätigung, dass die "Herrschaft der Stärkeren" über die "Schwächeren" eine Art Naturgesetz sei. Dabei ließen sie außer Acht, dass auch in der Natur nicht nur der physisch Stärkere einen Vorteil hat - vielfach ist es so, dass die Individuen bessere Überlebenschancen haben, die sich mit anderen kooperativ verhalten, sich gegenseitig unterstützen und die Gemeinschaft über den "Erfolg" des Einzelnen stellen.